Atom köprüsü · dışa doğru · tuttu (2 sınav), 1 tutmadı
D4. Genetik şifre
Modeldeki karşılığı: modelin 4. adımı: 4 harf ↔ kenar 4; üç harfli kelime ↔ küp; 64 ↔ 4³; 20 anlam ↔ (4³ − 4) / 3
Bu basamağın kuralları
ÇapaGenetik şifre modelin 4. adımıdır: 4 harf ↔ adımın kenarı 4; üç harfli kelime ↔ küp; 64 kelime ↔ 4³; anlam sınıfı (amino asit) sayısı ↔ adımın birikmiş salınımının üçte biri (4³ − 4) / 3 = 20; çift sarmal ↔ açık / kapalı çift. Sayılar birebir tutar (karşılaştırma 8).
ÇapaGenetik şifrenin dur kodonları modelin 4. adımından okunur: dur kodonu sayısı = adım 4'te salınım yapmış (yaşı en az 1) çiftlerin birimi, n − 1 = 3; anlam taşıyan kodonlar = 60 birikmiş salınım + yeni çiftin birimi = 61 (kural 2, 3, 33). Ölçülen standart şifreyle (NCBI: 3 dur, 61 anlam) birebir tutar (karşılaştırma 18, tam tutan). Kodon öbeklerinin boyları için kayıtlı üç okuma elendi (karşılaştırma 19); öbek kuralı açık.
Sınavlar: öngörü ve ispat
Her satırda kural hesaptan önce yazıldı, sonra kesin ölçümle karşılaştırıldı. Tutan satır kural listesine çapa olarak girdi; elenen satır silinmedi.
TuttuGenetik şifre ve modelin 4. adımı · 28.10.2026
Eşleme Kenar 4 ↔ 4 harf; 4³ ↔ 64 kodon; (4³ − 4) / 3 ↔ 20 amino asit; çift sarmal ↔ açık / kapalı çift.
Model Adım 4: kenar 4, toplam 4³ = 64, birikmiş salınımın üçte biri (4³ − 4) / 3 = 20.
Ölçüm Genetik şifrenin sayıları: 4 harf (A, C, G, T/U); üç harfli kelimeler (kodon); 4³ = 64 kodon; standart şifrede 20 amino asit ve 3 durdurma kodonu (21 anlam sınıfı). Bazı canlılarda özel yollarla 21. ve 22. amino asit (selenosistein, pirolizin) de okunur. Standart şifrede 61 anlam taşıyan kodon 20 amino aside öbeklerle dağılır: 2 amino asit 1 kodonlu, 9 amino asit 2 kodonlu, 1 amino asit 3 kodonlu, 5 amino asit 4 kodonlu, 3 amino asit 6 kodonlu (öbek boyları 1, 2, 3, 4, 6).
Uzaklık Sayılar birebir aynı: 4 harf, 64 kodon, 20 amino asit (tam sayılar; hata payı yok).
Rastlantı olasılığı Adım 4'ün sayı tabanı 10–40 arasındaki 31 sayının 5'ini içerir; rastgele tek bir hedef için olasılık %16.
Sonuç Üç sayı birebir tutuyor: çapa (kural 33). Sıradaki öngörü: kodonların öbekleri ve dur kodonları (atom köprüsü, D4).
TuttuAtom köprüsü D4: dur kodonları · 02.11.2026
Eşleme Dur kodonu = adım 4'te salınım yapmış çiftler 3 (S1), bütün çiftler 4 (S2) ya da yeni çift 1 (S3).
Model S1: 3 dur kodonu, 61 anlam taşıyan. S2: 4 dur, 60 anlam. S3: 1 dur, 63 anlam. (Öbek okumaları Ö1–Ö4 ayrı kayıtta: karşılaştırma 19.)
Ölçüm Genetik şifrenin sayıları: 4 harf (A, C, G, T/U); üç harfli kelimeler (kodon); 4³ = 64 kodon; standart şifrede 20 amino asit ve 3 durdurma kodonu (21 anlam sınıfı). Bazı canlılarda özel yollarla 21. ve 22. amino asit (selenosistein, pirolizin) de okunur. Standart şifrede 61 anlam taşıyan kodon 20 amino aside öbeklerle dağılır: 2 amino asit 1 kodonlu, 9 amino asit 2 kodonlu, 1 amino asit 3 kodonlu, 5 amino asit 4 kodonlu, 3 amino asit 6 kodonlu (öbek boyları 1, 2, 3, 4, 6).
Uzaklık Ölçüm (NCBI standart şifre): 3 dur kodonu (UAA, UAG, UGA), 61 anlam taşıyan kodon. S1 birebir; S2 (4 / 60) ve S3 (1 / 63) farklı.
Rastlantı olasılığı ≈ 0,08 (bilgi)
Sonuç S1 birebir tuttu: 3 dur kodonu = salınım yapmış üç çift, anlam taşıyan 61 = 60 + 1; S2 ve S3 elendi.
ElendiAtom köprüsü D4: kodon öbeklerinin boyları · 02.11.2026
Eşleme Öbek boyları 6'nın bölenleri (Ö1), halkalar 2l + 1 (Ö2) ya da 1 ve paket sayıları 2a (Ö3).
Model Ö1: {1, 2, 3, 6}. Ö2: {1, 3, 5, 7}. Ö3: {1, 2, 4, 6}. Ö4 (dağılış): sessiz.
Ölçüm Genetik şifrenin sayıları: 4 harf (A, C, G, T/U); üç harfli kelimeler (kodon); 4³ = 64 kodon; standart şifrede 20 amino asit ve 3 durdurma kodonu (21 anlam sınıfı). Bazı canlılarda özel yollarla 21. ve 22. amino asit (selenosistein, pirolizin) de okunur. Standart şifrede 61 anlam taşıyan kodon 20 amino aside öbeklerle dağılır: 2 amino asit 1 kodonlu, 9 amino asit 2 kodonlu, 1 amino asit 3 kodonlu, 5 amino asit 4 kodonlu, 3 amino asit 6 kodonlu (öbek boyları 1, 2, 3, 4, 6).
Uzaklık Ölçüm (NCBI standart şifre): öbek boyları {1, 2, 3, 4, 6} (2 × 1, 9 × 2, 1 × 3, 5 × 4, 3 × 6). Ö1'de 4 yok (beş dörtlü öbek karşılıksız); Ö3'te 3 yok (izolösinin üçlü öbeği karşılıksız); Ö2'de 2, 4, 6 yok, 5 ve 7 fazla.
Rastlantı olasılığı Gerekmez (tutmadı).
Sonuç Üçü de elendi: Ö1'de 4, Ö3'te 3 eksik, Ö2 farklı; öbek boyları için kural açık.
Açık kalan
Öbek boylarının dağılışı (2, 9, 1, 5, 3) için okuma aranır (Ö5 açık aday).
Ölçüm kaynağı: NCBI standart genetik şifre
Tur kayıtları (1)
Döngünün bu basamakta yaptığı her hesabın kaydı: adaylar, ölçüm, sonuç ve kod. Kaynak not: Atom köprüsü.
02.11.2026 — D4 ispatı: dur kodonları ve kodon öbekleri
Yedi okuma karşılaştırma 18'de hesaptan önce kayıtlıydı (05:37); hesap 06:38. Kayıt "S ve Ö ayrı ayrı sınanır" dediği için iki hüküm ayrı yazıldı: dur okumaları karşılaştırma 18'de, öbek okumaları karşılaştırma 19'da (kural metni aynı). Soru: modelin 4. adımı (4 çift; yaşları 3, 2, 1, 0; birikmiş salınım 36 + 18 + 6 = 60; toplam 64 = 4 + 60) dur kodonlarının sayısını ve amino asitlerin kodon öbeklerinin boylarını veriyor mu? Ölçüm (genetik-sifre; NCBI standart şifre, dizgiden yeniden sayıldı): 3 dur (UAA, UAG, UGA), 61 anlam taşıyan kodon, 20 amino asit; öbek boyları 2 × 1, 9 × 2, 1 × 3, 5 × 4, 3 × 6.
| Aday | Okuma | Model | Ölçüm | Durum |
|---|---|---|---|---|
| S1 | dur = salınım yapmış (yaşı ≥ 1) çiftlerin birimi; anlam = 60 + yeni çiftin birimi | 3 dur, 61 anlam | 3, 61 | tuttu → kural 41 |
| S2 | dur = bütün çift birimleri | 4, 60 | 3, 61 | elendi |
| S3 | dur = yeni çiftin birimi | 1, 63 | 3, 61 | elendi |
| Ö1 | öbek boyları = 6'nın bölenleri | {1, 2, 3, 6} | {1, 2, 3, 4, 6} | elendi (4 yok) |
| Ö2 | öbek boyları = kat içi halkalar 2l + 1 | {1, 3, 5, 7} | aynı | elendi |
| Ö3 | öbek boyları = 1 ve paket sayıları 2a | {1, 2, 4, 6} | aynı | elendi (3 yok) |
| Ö4 | dağılış (kaç amino asit hangi boyda) | — | 2, 9, 1, 5, 3 | sessiz |
Okunan: 64 kodonluk adımda salınım yapmış üç çiftin her biri bir "dur" yeridir; yeni doğan çiftin birimi ile birikmiş 60 salınım birimi anlam taşıyan 61 kodonu verir. Kural 33'teki 20 anlam sınıfı (60 / 3) aynı salınımın üçe bölünüşüdür; dur kodonları ise salınımın değil, çift birimlerinin payıdır. Öbek boyları için kayıtlı üç okumanın hiçbiri tam kümeyi vermedi; 6'nın bölenleri ile paket sayılarının birleşimi Ö5 = {1, 2, 3, 4, 6} ölçüm görüldükten sonra kurulabildiği için yalnız açık aday olarak yazıldı (aday okumalar, soru 10); ikinci sınavı dağılış için ölçüme bakmadan bir kural çıkarsa yapılır.
Rastlantı bilgisi: modelin 13 taban sayısından dur sayısının 3 çıkma olasılığı ≈ 1/13 ≈ 0,08; 3 seçilince 61 serbest değildir. Dürüstlük notu: standart şifrenin sayıları okumalar yazılırken biliniyordu; okumalar adım 4'ün sayımından kuruldu.
Kod (sunucuda çalıştırıldı):
from collections import Counter
aa = 'FFLLSSSSYY**CC*WLLLLPPPPHHQQRRRRIIIMTTTTNNKKSSRRVVVVAAAADDEEGGGG' # NCBI transl_table=1
c = Counter(aa); dur = c.pop('*') # 3 dur, 61 anlam, 20 amino asit
boy = set(c.values()) # {1, 2, 3, 4, 6}
S = {'S1': (3, 61), 'S2': (4, 60), 'S3': (1, 63)}
O = {'Ö1': {1, 2, 3, 6}, 'Ö2': {1, 3, 5, 7}, 'Ö3': {1, 2, 4, 6}}
for a, (d, n) in S.items(): print(a, (d, n) == (dur, sum(c.values()))) # yalnız S1
for a, s in O.items(): print(a, s == boy, sorted(boy - s)) # hiçbiri
Sıradaki öngörü (içe, İ3), hesaptan önce karşılaştırma 20'ye yazıldı (06:38): nötronun protondan ağırlığı. Kural 40'a göre proton uud, nötron udd (u = C₀ türü, d = yeni çift türü); fark bir u'nun bir d ile yer değiştirmesidir. Okumalar: M1 — kütle kayıttan (kural 3, 4, 5): C₀ türü en eski, u ağır → proton ağır; M2 — tür kütlesi yaştan bağımsız (kural 31): eşit; M3 — kütle bağdan (kural 32): merkezdeki C₀ türü daha sıkı bağlı, u hafif → nötron ağır. Oranın büyüklüğü için kural yok (sessiz); hüküm yalnız işaret düzeyinde ve kütlenin kayıttan mı bağdan mı okunacağını da eler. Ölçüm: notron-proton (CODATA 2022, kesin veri sıra 23, bu turda eklendi): m_n / m_p = 1,001 378 419 46 (40). Ardından dışa: D2 (H₂ bağ enerjisi / iyonlaşma; kesin veri NIST önce) ya da D1'in blok diziliş sırası.
Araştırma notları
- Karşılaştırma 8 (kapı 13): DNA'nın şifresi modelin dördüncü adımı mı? 28.10.2026
Genetik şifre modelin 4. adımı mı: 4 harf, 64 kelime ve 20 anlam adım 4'ün sayılarından çıkıyor mu?